En un estudio reciente publicado en el medRxiv* servidor de preimpresión, los investigadores proporcionaron estimaciones cuantitativas de los impulsores a nivel de la población de la transmisión del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) y la gravedad de la infección ajustando los datos de vigilancia epidemiológica de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) de Inglaterra en modelos dinámicos de transmisión .
Las infecciones por SARS-CoV-2 han provocado una morbilidad y mortalidad sin precedentes en todo el mundo, y la continua aparición de variantes del SARS-CoV-2 ha dificultado la mitigación de la COVID-19. Se han realizado análisis epidemiológicos para evaluar la transmisibilidad de la variante preocupante (COV) del SARS-CoV-2 y la gravedad de las infecciones causadas por ellas. Sin embargo, los análisis integrados que cuantifican la efectividad de varias intervenciones y comparan directamente la severidad y transmisibilidad de los COV son limitados.
Sobre el estudio
En el presente estudio, los investigadores utilizaron un modelo de transmisión dinámico, sólido y validado y un marco de inferencia bayesiano, equipado con datos completos de vigilancia del SARS-CoV-2 de personas que residen en Inglaterra.
Los datos analizados incluyeron informes de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), datos de encuestas de prevalencia de COVID-19 a nivel de población, caracterización genómica de casos de COVID-19 con PCR positiva, datos de seroprevalencia de muestras de suero residual de donantes de sangre, hospitalizaciones y muertes a nivel individual. y nivel comunitario. Se estimó la transmisibilidad relativa y absoluta de las cepas de tipo salvaje del SARS-CoV-2 y los VOC, como Alpha VOC, Delta VOC y Omicron VOC’s BA.1 sub-VOC.
Se evaluó el impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI), los cambios en la práctica clínica, los cambios en la prestación de atención, la inmunidad inducida por infecciones y vacunas previas por SARS-CoV-2 y la gravedad de COVID-19 entre el 16 de marzo de 2020 y el 24 de febrero de 2022. Además , el número de reproducción efectivo () y el número de reproducción variable en el tiempo (Rt) en la población que carece de inmunidad anti-SARS-CoV-2.
Para evaluar comparativamente la gravedad de la COVID-19, se determinaron las tasas de hospitalización por infección (IHR), letalidad hospitalaria (HFR) y letalidad por infección (IFR) causales específicas de VOC, y se determinó el impacto de los cambios en las prácticas clínicas y los niveles de inmunidad pública contra la COVID-19. se evaluaron los resultados de gravedad. Además, se evaluó la gravedad de COVID-19 estratificada por edad y se realizaron análisis de sensibilidad considerando las variables que afectan la transmisibilidad para todos los COV. Solo para VOC de Omicron, se determinó la protección cruzada de VOC y la eficacia de la vacuna con dosis de refuerzo (VE).
Resultados
Antes de las vacunas contra el COVID-19, fue marginalmente menor que lo que indica una baja protección inmunitaria previa a la infección, y solo los niveles estrictos de NPI (como el trabajo remoto y el uso de mascarillas) fueron efectivos para reducir la transmisión del SARS-CoV-2. La ventaja de transmisión intrínseca de Alpha VOC y Delta VOC permitió para ganar el dominio, y la evasión inmunológica y la divergencia antigénica de Omicron VOC redujeron la inmunidad contra el SARS-CoV-2 en un tercio, lo que permitió a Omicron ganar el dominio a fines de 2021, a pesar de los altos niveles de protección inmunológica pública en ese momento.
Transmisión a nivel de población de SARS-CoV-2 entre marzo de 2020 y febrero de 2022 en Inglaterra. A) Positividad de infección medida entre los mayores de 15 años en la comunidad a través del programa de pruebas PCR del Gobierno nacional (Pilar 2). B) Prevalencia de infección (PCR) en muestras representativas de hogares del estudio REACT-1. En A y B, los datos se muestran en verde (líneas y puntos, con intervalos de confianza binomiales del 95 % en las barras de error) y la trayectoria del modelo en rojo (promedio e intervalo creíble del 95 % (95 % CrI)). El sombreado gris indica períodos en los que se implementaron a nivel nacional intervenciones no farmacéuticas (NPI) específicas de interés para el análisis; ver leyendas en el panel F y el manuscrito principal para referencias específicas. El nivel de sombreado no se correlaciona con la astringencia cuantitativa; para obtener una lista completa de los puntos de cambio modelados en las tasas de contacto, incluidas las fechas y la descripción, consulte la Tabla complementaria S11 y las Figuras S28 y S29. C) Frecuencia media inferida por el modelo de infecciones diarias por variante y tipo de infección (ya sea primaria o reinfección después de cualquier infección previa, “reinf”). D) Estimaciones de R0 intrínseco por variante (media y 95% CrI). E) Modelo de trayectoria del estado de vacunación de la población nacional (todas las edades como denominador), según lo informado por los datos oficiales de las dosis diarias administradas (ver fuentes en la Tabla S1). F) Modelar trayectorias del número de reproducción instantánea en ausencia del efecto de inmunidad (Rt) o de contabilización de la inmunidad (Rt efectivo). Las leyendas y las áreas grises especifican la fecha y la duración de las NPI oficiales en Inglaterra durante el período de estudio. G) Niveles efectivos de protección inferidos en la población (todas las edades como denominador. Las líneas corresponden a la protección efectiva contra variantes específicas, con el esquema de colores como en los paneles C y D, mientras que las áreas indican protección efectiva general por tipo de inmunidad (vacuna (derivado, híbrido o natural de una infección previa).Durante los períodos de reemplazo de variantes (por ejemplo, alfa a delta), la protección efectiva pasa de los niveles asociados con la variante que se reemplaza al nivel de la variante que se vuelve dominante.
Alpha VOC exhibió el mayor IFR y HFR básicos, seguido por Delta VOC, la cepa de tipo salvaje y Omicron BA.1 VOC. El sub-VOC Omicron BA.1 mostró propiedades básicas de gravedad similares a las de la cepa de tipo salvaje IHR, HFR e IFR. Los NPI se levantaron gradualmente durante la ola Delta, y el Delta VOC conllevó un riesgo significativamente elevado de hospitalización y muerte. Los hallazgos indicaron que la readaptación de las capacidades hospitalarias y el rápido desarrollo de terapias efectivas (como la dexametasona y el remdesivir) combatirían de manera efectiva la gravedad de la infección por cepas de tipo salvaje. Las mejoras en la atención clínica podrían quedar anuladas si no se combinan con intervenciones oportunas y efectivas y oportunas para la mitigación del COVID-19.
La transmisibilidad aumentó con cada VOC sucesivo, y BA.1 tuvo el mayor número de reproducción básico a las 8.1. A diferencia de estudios anteriores, Alpha VOC tuvo la mayor IFR básica (2,8 %), seguida de Delta (2,0 %), tipo salvaje (1,2 %) y Omicron (0,6 %). Los IHR básicos para la cepa de tipo salvaje, Alpha VOC, Delta VOC y Omicron VOC, fueron 2,20 %, 3,50 %, 4,40 % y 3,50 %, respectivamente. Los HFR para las cepas correspondientes fueron 33 %, 48 %, 30 % y 11 %, respectivamente. Las mutaciones de la proteína Spike (S) en los VOC alfa y delta confirieron una afinidad de unión al receptor de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2) más significativa y permitieron una fusión más rápida con las membranas de la célula huésped.
El 0 los valores de COV de la cepa de tipo salvaje, Alpha, Delta y Omicron BA.1 fueron 2,5, 4,0, 6,7 y 8,1, respectivamente. Solo el 8,0% del público en general era inmune a principios de septiembre de 2020, antes de la aparición de Alpha VOC. La inmunidad a nivel de población aumentó rápidamente del 12,0 %, solo desde el COVID-19 anterior, el 8 de diciembre de 2020, al 34,0 %, durante la aparición de Delta VOC en marzo de 2021, como resultado de la inmunidad híbrida. Se estimó un pico en la inmunidad de la población del 68,0% a fines de noviembre de 2021, principalmente debido a las vacunas. Los análisis de sensibilidad arrojaron resultados similares a los del análisis principal.
Los NPI no fueron lo suficientemente oportunos o siempre efectivos para controlar la transmisión del SARS-CoV-2, lo que provocó picos en las tasas de hospitalización durante el invierno de 2020 y 2021, con elevaciones en HFR que no pudieron explicarse solo por la cepa de tipo salvaje o Alpha VOC características de gravedad o cambios en los grupos de edad de los ingresos hospitalarios. Además, la protección inmunológica de infecciones previas ha sido consistentemente baja en Inglaterra, y las vacunas priorizadas por riesgo podrían reducir la transmisión y la gravedad de los COV.
Se estimó que la fracción combinada de individuos protegidos eficazmente contra el SARS-CoV-2 por infecciones previas y por inmunidad híbrida (inducida por infecciones y vacunas) era del 23 %. Si no se reduce la propagación del SARS-CoV-2 a tiempo, podría aumentar la gravedad y la tensión de la COVID-19 en los servicios de atención médica, y aumentar la inmunidad mediante vacunas podría reducir la carga global de la COVID-19.
En general, los hallazgos del estudio destacaron las implicaciones para la salud de la población de una mayor transmisibilidad de los COV, lo que resulta en una mayor virulencia y evasividad inmunitaria. A pesar de una gravedad comparable a la de Omicron, los COV con una mayor transmisibilidad amenazarían significativamente la salud mundial. Los hallazgos del estudio proporcionaron información valiosa sobre los factores impulsores de la dinámica de COVID-19, podrían informar el desarrollo de futuras intervenciones e indicaron que los esfuerzos de vigilancia optimizados para identificar cambios en la transmisibilidad, infecciones y gravedad de los COV y la aparición de nuevos COV son esenciales.
*Noticia importante
medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica/el comportamiento relacionado con la salud ni tratarse como información establecida.
