En un estudio reciente publicado en La lancetalos investigadores informaron las tendencias en los casos de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) y la transmisión del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) en Beijing en 2022.
La transmisión del SARS-CoV-2 no se observó de manera persistente en China antes de diciembre de 2022 debido a la implementación de la estrategia de salud dinámica cero-COVID a nivel nacional. Sin embargo, los casos de COVID-19 en el extranjero se han detectado con frecuencia en el país en los últimos tres años. El reciente aumento en el número de casos de COVID-19 entre los chinos ha generado preocupaciones sobre la evolución continua del SARS-CoV-2 en el país. Por lo tanto, analizar las características filogenéticas y epidemiológicas con los esfuerzos continuos de vigilancia del SARS-CoV-2 es fundamental para reducir la carga de salud global de COVID-19.
Estudiar: Caracterización de variantes de SARS-CoV-2 en Beijing durante 2022: un análisis epidemiológico y filogenético. Haber de imagen: humphery/Shutterstock
Sobre el estudio
En el presente estudio, los investigadores caracterizaron las cepas de SARS-CoV-2 que circulaban en Beijing en 2022.
Se obtuvieron muestras respiratorias de casos locales y extranjeros de COVID-19 detectados en Beijing en los tres años anteriores (las muestras analizadas en el presente estudio fueron del período de enero a diciembre de 2022) y se seleccionaron al azar para análisis posteriores. El ácido ribonucleico (ARN) del SARS-CoV-2 se extrajo de las muestras y se sometió a análisis de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación de próxima generación para generar genomas de SARS-CoV-2.
Además, se realizaron dinámicas de población y análisis filogenéticos utilizando secuencias de SARS-CoV-2 completas y de alta calidad. Los recuentos de casos confirmados de COVID-19 se determinaron utilizando informes diarios proporcionados por la comisión municipal de salud de Beijing entre el 1 de enero y el 28 de diciembre de 2022. El CDC (Centro para la Prevención y el Control de Enfermedades) realizó pruebas de laboratorio del SARS-CoV-2. , laboratorios de hospitales y otros laboratorios de pruebas de SARS-CoV-2.
Los casos confirmados se basaron en informes positivos para el marco de lectura abierto 1ab (ORF1ab) y la presencia del gen de la nucleocápside (N) del SARS-CoV-2. El equipo obtuvo datos sobre las características demográficas de los participantes mediante cuestionarios mediante entrevistas a pacientes con COVID-19, o sus familiares, miembros de sus familias y profesionales de la salud complementados con registros de salud.
La información obtenida de los participantes fue anonimizada y analizada por dos profesionales. Se secuenciaron un total de 1686 (de 4845) casos de infecciones locales por SARS-CoV-2 antes del 14 de noviembre de 2022, de los cuales el equipo seleccionó al azar 350 casos locales de COVID-19 y los sometió a análisis de secuenciación entre el 14 de noviembre y diciembre el 20 de febrero de 2022. Además, se seleccionaron aleatoriamente y secuenciaron 824 casos en el extranjero. En total, se reclutaron 3745 muestras de los casos confirmados de COVID-19 para el análisis de secuenciación entre el 1 de enero y el 20 de diciembre en Beijing.
Las muestras respiratorias comprendían esputo, muestras de torunda orofaríngea y hisopado nasofaríngeo especímenes, proporcionados por centros CDC a nivel de distrito, cuarentena aeroportuaria y hospitales en la ciudad de Beijing del 1 de enero al 20 de diciembre de 2022. Además del análisis, se buscó en la base de datos PubMed estudios realizados durante la pandemia de COVID-19 a fines 2022 en China, publicado en inglés hasta el 28 de diciembre de 2022.
Resultados
En total, se detectaron 39.007 casos de infecciones locales por SARS-CoV-2 en Beijing, entre el 1 de enero y el 30 de noviembre de 2022, con una edad media de los pacientes de 40,0 años, entre los cuales la mayoría de las personas afectadas eran hombres. Además, el equipo observó un solo brote local de SARS-CoV-2 en Beijing antes del 14 de noviembre, que involucró 2230 infecciones locales por SARS-CoV-2 en 17 distritos de Beijing. Sin embargo, se observaron 2600 casos de infecciones por SARS-CoV-2 en el extranjero entre el 1 de enero y el 28 de diciembre en Beijing, pero fueron relativamente menores entre abril y agosto de 2022.
En total, se obtuvieron 2994 secuencias genómicas de SARS-CoV-2 de longitud completa, de las cuales 2881 secuencias de alta calidad se analizaron más a fondo. Entre el 14 de noviembre y el 20 de diciembre se secuenciaron 413 especímenes, de los cuales 63 y 350 pertenecían a casos de infección por SARS-CoV-2 en el extranjero y locales, respectivamente. Todas las secuencias eran de cepas SARS-CoV-2 conocidas, con 114 secuencias y 2767 secuencias de la variante Delta del SARS-CoV-2 y la variante Omicron del SARS-CoV-2, respectivamente, en lugar de variantes nuevas del SARS-CoV-2.
Los hallazgos indicaron que el reciente aumento de COVID-19 en Beijing ocurrió debido a la circulación simultánea de dos subvariantes de Omicron, la cepa BF.7 (n=265,76 %) y la cepa BA.5.2 (n=57, 16 %), causando 315 de los 350 casos locales de COVID-19 secuenciados (90 %) en el estudio, desde el 14 de noviembre de 2022. Además, se detectó BA.5.1 en 27 casos (8,0 %).
El equipo detectó ≤16,0 subvariantes en casos en el extranjero, entre los cuales el 32 % (n=20), el 22 % (n=14) y el 10 % (n=seis) de las cepas se identificaron como BQ.1, BA.5.2 y XBB.1, respectivamente. No se observaron diferencias estadísticamente significativas en los porcentajes de cepas de SARS-CoV-2 entre personas hospitalizadas y ambulatorias (odds ratio de 1,2).
El tamaño efectivo de la población infectada por BF.7 y BA.5.2 aumentó en Beijing después del 14 de noviembre de 2022, lo que indica una mayor diversidad genómica en las dos subvariantes. La proporción de individuos infectados con BA.5.2 aumentó considerablemente alrededor del 30 de noviembre, mientras que el número de pacientes infectados con BF.7 aumentó gradualmente a partir del 14 de noviembre. El equipo no encontró ningún artículo que describiera la pandemia de COVID-19 en China a finales de 2022.
En general, los hallazgos del estudio mostraron que el reciente aumento de COVID-19 en Beijing se produjo debido a la circulación simultánea de BF.7 y BA.5.2 en lugar de una nueva variante de SARS-CoV-2. Los hallazgos podrían generalizarse a China, ya que Beijing se ha visto considerablemente afectada por el ajuste de la política posterior a la COVID-19, la circulación de cepas de SARS-CoV-2 altamente transmisibles y el frecuente intercambio de población en la ciudad.
