El sistema NGS integrado puede brindar diagnósticos precisos basados ​​en la genómica para acelerar el tratamiento de las neoplasias mieloides

La identificación de alteraciones genéticas recurrentes en las neoplasias mieloides ha mejorado el diagnóstico y ampliado los tratamientos dirigidos disponibles para los pacientes. Sin embargo, el inicio del tratamiento puede retrasarse por los tiempos de respuesta variables y prolongados involucrados en las pruebas de estas alteraciones. En un estudio novedoso, los investigadores evaluaron un sistema integrado de secuenciación de próxima generación (NGS) y descubrieron que puede brindar diagnósticos precisos basados ​​en la genómica para acelerar el tiempo de terapias de precisión, lo que beneficia los resultados de los pacientes. Sus resultados aparecen en El Diario de Diagnóstico Molecularpublicado por Elsevier.

En las neoplasias mieloides, la médula ósea produce demasiados o muy pocos glóbulos rojos, plaquetas o ciertos glóbulos blancos. El descubrimiento de alteraciones genéticas recurrentes en las neoplasias mieloides ha mejorado la precisión diagnóstica y ha ampliado las opciones de tratamiento específicas disponibles para los pacientes. Este progreso es especialmente relevante para mejorar el tratamiento de la leucemia mieloide aguda (LMA), para la cual actualmente existe una tasa de supervivencia relativa a cinco años deprimente del 30,5 %.

Las pautas actuales de la Red Nacional Integral del Cáncer (NCCN, por sus siglas en inglés) ahora respaldan las pruebas genéticas para la AML. Recientemente, han surgido varias terapias dirigidas a fármacos que se basan en la presencia o ausencia de alteraciones genéticas específicas. Estos medicamentos se usan no solo para la enfermedad recidivante o refractaria, sino también como un componente de la quimioterapia de inducción para ciertos pacientes.

“La implementación exitosa de estas terapias se basa en el conocimiento inmediato de las características genéticas de la leucemia”, explicó el investigador principal Kojo SJ Elenitoba-Johnson, MD, Department of Pathology and Laboratory Medicine, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, Nueva York, NY, EE. UU., quien estaba en el Departamento de Patología y Medicina de Laboratorio, Facultad de Medicina Perelman de la Universidad de Pensilvania, Filadelfia, Pensilvania, EE. UU., en el momento en que se realizó el estudio.

Determinar las características genéticas de la leucemia implica realizar pruebas de alteraciones genéticas recurrentes, relevantes desde el punto de vista diagnóstico y terapéutico. Desafortunadamente, las herramientas de diagnóstico actuales utilizan múltiples tecnologías, diferentes dominios de experiencia y flujos de trabajo desconectados, lo que resulta en tiempos de respuesta marcadamente variables y prolongados que pueden retrasar el tratamiento.

NGS es una poderosa herramienta capaz de identificar la mayoría de estas alteraciones; sin embargo, las plataformas NGS actuales y los cuellos de botella bioinformáticos representan barreras importantes para un diagnóstico óptimo y oportuno, con tiempos de respuesta que a menudo superan los 10 a 14 días, lo que retrasa las decisiones de tratamiento. Como resultado, los laboratorios suelen realizar pruebas redundantes para respaldar un tiempo de respuesta más rápido para las variantes clave”.

Kojo SJ Elenitoba-Johnson, MD, Departamento de Patología y Medicina de Laboratorio, Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering, Nueva York, NY, EE. UU.

Para abordar la necesidad de identificar estas alteraciones de manera más eficiente, los investigadores evaluaron el panel Oncomine Myeloid Assay GX en la plataforma Ion Torrent Genexus, una prueba rápida (menos de 24 horas). ácido nucleico al tiempo de respuesta del resultado) plataforma NGS de ácido nucleico integrada para detectar aberraciones genéticas clínicamente relevantes en trastornos mieloides. Las muestras incluyeron controles de ADN sintético (101 objetivos) y ARN (9 objetivos) y material de ácido nucleico del mundo real derivado de muestras de médula ósea o sangre periférica (40 pacientes). Las muestras clínicas de ADN y ARN se identificaron retrospectivamente a partir de muestras de sangre o médula ósea que ya se habían sometido a extracción de ácido nucleico y pruebas genéticas en un laboratorio clínico certificado por las Enmiendas de Mejora del Laboratorio Clínico (CLIA) siguiendo protocolos previamente validados.

Los resultados y los índices de rendimiento se compararon con los obtenidos a partir de flujos de trabajo de pruebas genómicas clínicamente validados en dos laboratorios clínicos separados. El ensayo identificó el 100 % de las variantes de control de ADN y ARN. Para muestras derivadas de pacientes, informó 82 de 107 variantes de ADN y todas las 19 fusiones de genes de ARN identificadas en ensayos validados clínicamente, lo que arroja una tasa de detección general del 80 %. El nuevo análisis de los datos exportados sin filtrar reveló 15 variantes de ADN que no se identificaron inicialmente, lo que arroja una tasa de detección potencial general del 92 %.

Estos resultados son prometedores para implementar un sistema NGS integrado para detectar rápidamente aberraciones genéticas, facilitando diagnósticos precisos basados ​​en la genómica y acelerando el tiempo de terapias de precisión en neoplasias mieloides.

“Existen beneficios significativos en el flujo de trabajo del laboratorio al usar esta plataforma en comparación con los métodos de prueba actuales”, comentó la Dra. Elenitoba-Johnson. “Las plataformas automatizadas e integradas basadas en el flujo de trabajo que brindan resultados clínicamente relevantes en menos de 24 horas podrían revolucionar el diagnóstico de las condiciones neoplásicas, mejorando potencialmente los resultados de los pacientes. La disponibilidad de resultados precisos en escalas de tiempo clínicamente relevantes permitirá el despliegue de estudios genómicos en la primera línea para la evaluación diagnóstica de pacientes. Los flujos de trabajo automatizados como estos mejorarán la eficiencia operativa y tendrán un impacto económico significativo en los gastos de laboratorio dada la menor necesidad de participación humana en la realización de las pruebas de laboratorio”.