El diagnóstico preciso y rápido de la infección por coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) ha sido fundamental para mitigar la propagación viral durante la pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19). Una de las primeras herramientas de diagnóstico desarrolladas fueron las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) para detectar el SARS-CoV-2. La aparición de variantes preocupantes (COV) del SARS-CoV-2 ha afectado negativamente el rendimiento de las pruebas.
Para abordar este problema, un nuevo estudio publicado en la medRxiv* El servidor de preimpresión evaluó si un ensayo novedoso podría detectar COV sin reducciones sustanciales en la sensibilidad.
Fondo
Uno de los primeros ensayos de RT-PCR disponibles fue el ensayo Xpert® Xpress SARS-CoV-2 (Cepheid) para pruebas en el punto de atención. Obtuvo el estatus de EUA en marzo de 2020 y se anunció que detectaba con precisión el SARS-CoV-2 en una hora mediante el uso de cebadores dirigidos a los genes de la envoltura viral (E) y la nucleocápside (N2).
El ensayo Xpert® Xpress SARS-CoV-2 se conformó con la prueba RT-PCR de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) y el ensayo Cobas® SARS-CoV-2 (Roche). Se vio que era más sensible que el ensayo Abbott ID Now SARS-CoV-2. Sin embargo, desde su desarrollo, han surgido varios COV del SARS-CoV-2 que han afectado el rendimiento de los ensayos de PCR de diagnóstico, debido a mutaciones en los sitios de unión de los cebadores. Esto es problemático ya que podría conducir a resultados falsos negativos.
Se ha observado amplificación del objetivo del gen S en muestras variantes (fallo del gen S) y sensibilidad reducida en las pruebas para SARS-CoV-2. Sin embargo, el Xpert® Xpress y otros ensayos dirigidos a otros genes podrían detectar variantes con mutaciones del gen S. El inconveniente del ensayo Xpert® Xpress es que muchos polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) dentro del gen de la nucleocápside podrían causar fallas en el objetivo del gen N2.
Sobre el estudio
Usando los resultados de un ensayo de RT-PCR clínicamente certificado como punto de referencia, el estudio actual evaluó la capacidad del ensayo Xpert® Xpress SARS-CoV-2 para detectar COV, sin informar una reducción significativa en la sensibilidad. El tampón TE (Tris EDTA) se utilizó para almacenar las muestras de COV (N=46). La validez del tampón TE como medio de almacenamiento se evaluó antes de analizar las muestras.
Las muestras se recolectaron en Seattle entre marzo de 2021 y diciembre de 2021. El laboratorio de tecnología avanzada (BATLab) del Instituto Brotman Baty (BBI) determinó que todas las muestras de COV dieron positivo para SARS-CoV-2. Luego se secuenciaron con el kit Illumina COVIDSeq. El último paso fue la identificación de las variantes mediante la aplicación web Pangolin.
Cinco muestras Beta (B.1.351), 4 Delta (B.1.167.2), 29 Alfa (B.1.1.7) y 7 Gamma (P.1) se analizaron con Xpert® Xpress. Además, se analizaron 6 muestras de Omicron (B.1.1.529) con el ensayo Xpert® Xpress SARS-CoV2/Flu/RSV. Esto último se hizo debido a la disponibilidad de inventario en el momento de la prueba. Los resultados se compararon con controles positivos almacenados en un medio de transporte viral estándar (VTM).
Recomendaciones
Un hallazgo actual clave es que las muestras de VOC almacenadas en un búfer de TE bajo son concordantes con VTM. Este método de almacenamiento no disminuyó la sensibilidad de los ensayos moleculares rápidos.
Las nuevas variantes del SARS-CoV-2 han aumentado la velocidad de propagación de la COVID-19 a través de diferentes mecanismos, incluido evitar la detección por RT-PCR. Como ejemplo, la variante Omicron tiene una gran cantidad de mutaciones del gen S, lo que conduce a una falla significativa en el objetivo del gen S. El estudio actual mostró que Xpert® Xpress podía detectar con precisión las variantes del SARS-CoV-2 a pesar de una gran cantidad de mutaciones en el genoma viral.
Los autores destacaron la posibilidad de que otros ensayos moleculares que no se dirigen al gen S también podrían identificar con precisión las variantes del SARS-CoV-2 analizadas en este estudio, incluido Omicron y sus subvariantes. Sin embargo, dado que la variante B.1.1.529 era la única que circulaba predominantemente en el momento de realizar este estudio, fue la única que se pudo probar.
El gen N2 se detectó con valores de umbral de ciclo (Ct) inferiores a 34,6. El Xpert® Xpress no informó ninguna falla apreciable del objetivo del gen N2. En el futuro, se necesitarán pruebas adicionales del Xpert® Xpress SARS-CoV-2, específicamente en el caso de COV con numerosas mutaciones del gen E o N2.
Conclusión
La prueba rápida de RT-PCR es extremadamente importante para identificar y aislar rápidamente a las personas infectadas. Esto es particularmente cierto para los COV emergentes, que podrían ser varias veces más transmisibles. El estudio actual demostró una buena precisión diagnóstica de Xpert® Xpress, en comparación con un ensayo de RT-PCR clínicamente certificado.
*Noticia importante
medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica o el comportamiento relacionado con la salud ni tratarse como información establecida.
